Най-значителната за музея Прада в Испания е на Чарлз I Английски колекцията, закупена по време на Оливър Кромуел на управлението. Така попадат в Испания картини като ”Светото семейство” от Рафаел, “Смъртта на Богородица” от Монтеня, творби от Веронезе, Тинторето, Тициан и други много прочути майстори.
В Испания попадат след смъртта на Рубенс част от картини - “Градината на любовта”, „Селски танц”, ”Портрет на Мария Медичи” “Трите грации” и цялата му лична колекция картини почти.
Има и подаръци от испанските посланици в чужбина и от чужди владетели картини - на Дюрер “Адам и Ева”, от Кристина Шведска подарена, на Рафаел “Падането по пътя на Голгота”, от вицекраля на Палермо подарена и др. Най-значимо в музея е от 17 век творчеството картини на гениалния Веласкес, цяла галерия събрало - религиозни творби, пейзажи, портрети, платна по антични мотиви и др.
През 1700 година се възкачва династията на Бурбоните на испанския престол, които за допълване на колекцията картини допринасят с много творби на Тениерс, Снайдерс и фламандски майстори. Гласуваният в революционна Франция от Учредителното събрание декрет, за превръщане на двореца на кралете Лувър в музей за картини, за подобно развитие дава тласък и в Испания.
Управленската криза около Бурбонската династия за сваляне и качване на испанския престол, забавя временно в Мадрид на художествен музей изграждането. Но за бъдещата колекция картини, има огромно значение закриването на много испански манастири и събиране на техните колекции картини в Мадрид.
По време на крал Фердинад VII, царувал само 1 година, се прави опит със старинната Академия Сан Фернандо за създаване на музей за картини. Предвидено било в двореца Буенависта да бъде уреден, но без особен успех. Това краля принуждава да определи недовършеното здание на Музея на естествените науки за художествен музей в парка Прадо.
В началото на 19 век маркиз де Санта Крус с мисия е натоварен галерия на живописта от картини да създаде на музея Прадо, които на Негово Величество принадлежат. Музеят Прадо е открит официално с колекция от едва 311 картини и е издаден първият каталог. Санта Крус големи усилия полага на нови творби за пренасянето, като онези от дворците в Гранха и Аранхуес.
Днес Прадо 10 пъти повече картини притежава, отколкото при основаването. В началото на 19 век голяма част от многобройните картини, в кралските дворци останали, в Ескориал, в манастири и други музеи, в Прадо постъпват за постоянно. Частни лица допринасят с даренията си също на експозицията картини за попълване. През 1845 година възниква опасност за разделяне между двете дъщери на Фердинанд VII на сбирката.